去掉一个文件的bom头:

sed -i 's/^\xEF\xBB\xBF//g' a.txt

扫描当前目录有bom的文件:

grep -r -I -l $'^\xEF\xBB\xBF' ./

去掉当前目录下所有文件的bom:

grep -r -I -l $'^\xEF\xBB\xBF' ./ | xargs sed -i 's/^\xEF\xBB\xBF//g'

写到svn的hook脚本里即可, 不要问我怎么写哦, 百度吧.